Acceso Simple a la Información Farmacogenómica Actualizada

• AUTOR : Sangkuhl K, Berlin D, Altman R, Klein T
• TITULO ORIGINAL : PharmGKB: Understanding the Effects of Individual Genetic Variants
• CITA : Drug Metabolism Reviews 40(4):539-551, 2008
• MICRO : La Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base brinda acceso a información farmacogenómica actualizada que puede emplearse para diseñar nuevos estudios o como herramienta educativa.

 

Introducción y objetivos

La Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base (PharmGKB) fue creada en el año 2000 con el objetivo de organizar y recopilar información obtenida en estudios farmacogenéticos. Estos ensayos permiten evaluar la influencia de las variaciones genéticas sobre la respuesta al tratamiento con determinadas drogas y la predisposición para la adquisición de enfermedades. La PharmGKB puede consultarse en internet y permite acceder a información organizada en diferentes formatos, que se describirán en el presente artículo.

La PharmGKB trabaja en conjunto con la Pharmacogenetics Research Network para recolectar, analizar y archivar la información. Actualmente, la PharmGKB incluye información sobre más de 500 drogas, 500 enfermedades y 700 variantes genéticas, aunque esta cantidad es creciente. La modernización de las técnicas de investigación permitió evaluar la influencia de las variantes multigenéticas sobre la respuesta al tratamiento con determinadas drogas, lo que resultó en el descubrimiento de polimorfismos nuevos. Debido a que la nomenclatura de los polimorfismos descubiertos hasta el momento es heterogénea, la PharmGKB incluye la información disponible de un modo consensuado con el objetivo de brindar acceso a todos los polimorfismos hallados hasta el momento.

Página inicial de la PharmGKB

La PharmGKB tiene como objetivo brindar información de fácil acceso a la comunidad científica. En su página de inicio incluye diferentes formas de acceso a la información relacionada con la farmacogenómica que puede resultar de interés para los usuarios con experiencia. No obstante, el propósito de la página también es funcionar como un portal educativo accesible para cualquier usuario. Los contenidos de la PharmGKB son clasificados en categorías según la información que los sustenta. Entre estos contenidos se incluyen datos relacionados con la farmacocinética, la farmacodinamia, la función celular y molecular y el genotipo.

Esta base brinda material de lectura, enlaces útiles y un espacio de intercambio con fines educativos que incluye la participación de un especialista que responde comentarios y preguntas. Otra característica de la página de inicio de la PharmGKB consiste en la actualización de la información que permite mantener a los usuarios informados acerca de tópicos y datos relevantes.

Drogas, genes y enfermedades

La PharmGKB brinda información detallada sobre drogas, genes o enfermedades, que puede ser consultada al introducir una palabra en un buscador incluido en la página. Como resultado se obtendrá una lista de tópicos relacionados. Además, la información puede acotarse, según la preferencia del usuario, a datos fenotípicos, genotípicos o artículos relevantes. Al ingresar un término -por ejemplo, el nombre de una droga-, aparece una página con diferentes tipos de información relacionada con ese término. A su vez, cada tipo de dato -por ejemplo, una enfermedad tratable con la droga buscada- puede ser explorado más exhaustivamente de un modo sencillo.

Investigación y PharmGKB

Con el objetivo de crear cohortes de pacientes de gran magnitud que permitan obtener hallazgos significativos, la PharmGKB estimula a los investigadores a recopilar información preferentemente clínica. El aporte de esta información permitió crear bases de datos para analizar y compartir con la comunidad científica. Esta iniciativa resultó en la creación del International Warfarin Pharmacogenetics Consortium, cuyo objetivo es crear un algoritmo farmacogenético de dosificación de la warfarina. Dado que este anticoagulante es difícil de dosificar, debido a la existencia de múltiples variantes genéticas que afectan su nivel, el algoritmo será de gran utilidad.

El segundo proyecto de la PharmGKB fue la creación del International Tamoxifen Pharmacogenomics Consortium. En este caso, el objetivo fue contar con información sobre los genotipos de la isoenzima del sistema enzimático citocromo P450 2D6 (CYP2D6) y su influencia sobre la evolución clínica de las mujeres que reciben tamoxifeno debido a la presencia de cáncer de mama. De este modo se conocerá con mayor profundidad el papel del genotipo CYP2D6 como predictor de los resultados terapéuticos y se podrá perfeccionar el esquema de tratamiento.

Organización de la información

La respuesta al tratamiento con una determinada droga puede verse afectada por la presencia de polimorfismos de los genes que codifican las enzimas que metabolizan la droga mencionada. Lo mismo sucede con los polimorfismos de los genes que codifican los transportadores y las proteínas que conforman el sitio de acción de las drogas. La comprensión del ciclo vital de cada fármaco requiere el análisis simultáneo de diferentes variantes genéticas. La PharmGKB creó mapas integrales que resumen la información relacionada con los genes más importantes involucrados en la farmacocinética y en la farmacodinamia de cada droga. Cada mapa consiste en un diagrama conformado por íconos que, a su vez, permiten acceder a información relacionada con su función. Los mapas son actualizados en forma periódica con el propósito de brindar información fidedigna.

Resúmenes farmacogenéticos importantes

La PharmGKB brinda información resumida sobre genes relevantes desde el punto de vista farmacogenómico, debido a que afectan la farmacocinética y la farmacodinamia de una o más drogas. La importancia de los genes se define según la cantidad y calidad de la información disponible sobre su función. Cada resumen incluye una introducción, información sobre variantes de importancia funcional y haplotipos, entre otros tópicos. Además, cada página brinda acceso a enlaces con literatura relevante, listas de drogas y fenotipos asociados con el gen de interés e información sobre dicho gen y su papel tanto endógeno como farmacológico. También puede accederse a información sobre el efecto de cada variante del gen y su asociación con la presencia de enfermedades y la respuesta al tratamiento. Por último, es posible acceder a los diferentes nombres asignados a esta variante y a los estudios disponibles al respecto.

Navegador de variantes

El avance tecnológico permite que los investigadores accedan a una cantidad cada vez mayor de información genotípica y fenotípica. La PharmGKB muestra información sobre 370 variantes de 176 genes y su relación con determinados fenotipos; no obstante, la cantidad de información disponible es creciente. Para acceder a dicha información disponible sobre las variantes de interés, el usuario debe accionar el ícono correspondiente. De este modo obtendrá datos sobre los polimorfismos de un gen determinado. También es posible identificar el gen requerido si sólo se cuenta con la información relacionada con la variante de interés. La PharmGKB permite localizar la variante de un modo preciso y evaluar los nucleótidos, el contexto genómico y los aminoácidos involucrados. Asimismo, es posible evaluar las consecuencias fenotípicas de cada variante genética según la información disponible. De acuerdo con esto, esta base permite localizar una variante genética en el gen correspondiente, conocer su secuencia de nucleótidos y obtener información útil para generar nuevas investigaciones.

Obtención automática de información

La PharmGKB brinda la posibilidad de obtener información farmacogenética mediante algoritmos computarizados automáticos. De este modo, el sistema arroja automáticamente literatura relevante y destaca los términos de interés para el usuario. Esta es una vía adicional para acceder a la bibliografía de una forma rápida.

Los polimorfismos de nucleótido único en estructuras proteicas tridimensionales

El mapeo de los polimorfismos de nucleótido único en estructuras proteicas tridimensionales permite observar el contexto macromolecular de una variante genética determinada. La PharmGKB brinda la posibilidad de obtener esta imagen según la disponibilidad de información almacenada en el Protein Data Bank.

Conclusión

La PharmGKB brinda acceso a información farmacogenómica actualizada que puede emplearse para diseñar nuevos estudios o como herramienta educativa. Asimismo, tiene una iniciativa independiente para crear una base de datos compartida, destinada a dilucidar cuestiones farmacogenómicas de importancia clínica.

Especialidad: Bibliografía - Farmacología